Ich habe ein Gehirn zum Denken, und meine Seele  stellt sicher, dass diese Gedanken auch meinem freien Willen entsprechen.

Kann das Denken frei sein, wo es doch wenn nicht von Umständen so doch von maßgeblich von einem selbst abhängt?
Ist dieser freie Wille, den wir so gerne hochhalten, nicht auch wieder etwas Willkürliches, das wir je nach unseren Erfahrungen und Empfindungen (und was uns sonst noch prägt und leitet) festsetzen?
Etwas willkürlich Festgelegtes kann aber keine Freiheit sein. Zumindest nicht nach dem, was wir uns unter Freiheit vorstellen und was wir glauben, auf unser Leben zu übertragen oder gar darin integrieren (noch eine Un-Freiheit und ein Kardinalsfehler) zu können.

Das Problem ist, dass wir Freiheit oft falsch definieren. Wir glauben an eine absolute Freiheit, aber die gibt es im Leben nicht. Die Freiheit liegt vielmehr darin, sich immer wieder aus der Fülle der Möglichkeiten zu entscheiden.

Entscheidung = Freiheit
Und auch wenn man sich nicht für etwas entscheidet, ist man nicht automatisch unfrei - sofern man die Nichtentscheidung selbst und aus Überzeugung gewählt hat. Jeder Zwang, sich zu  "entscheiden",  wäre Willkür und hätte  weder etwas mit Freiheit noch mit  Entscheidung zu tun.

Dieses Prinzip [Entscheidung = Freiheit] lässt sich auch auf den Bereich des Denkens übertragen. Man wägt verschiedene Gedanken, die man in dem Zusammenhang denkt, ab, stellt sie anderen Gedanken / Meinungen gegenüber und unterzieht sie somit einer Feuerprobe (Werden sie bestehen, oder sollten sie noch einmal durchdacht werden? Was natürlich nicht darin münden muss, dass man die andere Meinung eins zu eins ungeprüft übernimmt -> das wäre unfrei).

Es gibt auch unfreies Denken. Unfreies Denken, das sind zum Beispiel erprobte Abläufe, über die man weder vor- noch nach-denken muss, weil sie einem mit der Zeit in Fleisch und Blut übergegangen sind. Man weiß, es ist richtig so, und sie haben sich bewährt. Dazu zählen nicht nur alltägliche Haushaltstätigkeiten, sondern auch etwa (für viele zumindest) der Umgang mit dem Computer, oder ggf. auch das Ausfüllen einer Steuererklärung - letzteres allerdings wohl eher aus dem Grund, weil beim Umgang mit Zahlen das Denken sich automatisiert und alles andere sich abschaltet.

Jetzt habe ich also zwei verschiedene Arten des Denkens. Schön und gut.

Aber was IST das Denken, bevor diese Differenzierungen vorgenommen werden?
Zunächst einmal nur ein Prozess. Ein Prozess, der sich physikalisch nachweisen lässt. Ein neuronaler Austausch zwischen vielen verschiedenen Gehirnteilen, die sich ständig mit jedem Tag, den wir leben, und jedem Augenblick, den wir erfahren, verändern, manchmal aus unbewussten Gründen etwas blockieren (wie beim Computer auch), dafür aber auch mit jedem Schritt viele neue Möglichkeiten eröffnen.
Doch wie der Computer nicht ohne einen Menschen auskommt, der ihm Energie zuführt, ihn bedient und ihm Befehle erteilt, so benötigt auch das Gehirn ein Ich, um überhaupt in Gang zu kommen (also haben auch Tiere ein Ich!). Und dieses Ich ist wiederum der individualisierte - man könnte auch sagen: "sichtbar" gewordene - Teil der Seele.

Also geht letztlich alles auf die Seele zurück. Die Seele gibt dem Denken wie auch dem Fühlen den "Saft", den sie brauchen, um überhaupt existieren zu können.
Diesen "Saft" könnte man auch mit dem freien Willen gleichsetzen, von dem ich oben sprach.
Wenn dieser Wille jedoch lediglich den Motiven des Ich (mit allen Gefühlen, körperlichen Bedürfnissen und was sonst noch alles dahintersteht) folgt, dann mag es zwar immer noch ein (unser) Wille sein, aber dieser Wille ist nicht mehr frei, sobald er gegen die innere Stimme (=die Stimme der Seele) und gegen alle Vernunft durchgesetzt wird.
Die Stimme der Seele steht hingegen über allem - und vereint daher all diese Aspekte: Emotionen, Körper, Vernunft.

Kompliziert, meine Gedankengänge. Ich weiß. Vielleicht ist es dennoch verständlich.